Je prezidentem IAAS a současně ředitelem Všeobecné ambulantní chirurgie v Centro Integrado de Cirurgia de Ambulatório (CICA) v Centro Hospitalar v Portu. Jeho tým 6 operatérů provede v průměru 80 operací týdně jak v celkové, tak v lokální anestezii. Dr. Carlos Magalhães je současně odborníkem v oboru sportovní medicíny a oficiálním lékařem fotbalového klubu FC Porto. Mezi jeho pacienty patří řada sportovních celebrit.